Βιοπληροφορική

ΚΩΔΙΚΟΣ: BEE832

  • Διδάσκοντες
Παπαλουκάς Κωνσταντίνος
(Καθηγητής)
  • Θεωρία: 2 ώρες/εβδομάδα
  • Εργαστήριο: 3 ώρες/εβδομάδα
  • Πιστωτικές μονάδες (ECTS): 5
  • Διδακτικές μονάδες: 5
  • Εβδομαδιαίες ώρες διδασκαλίας: 5
Γλώσσα/ες διδασκαλίας:
Ελληνικά
ERASMUS: Δεν προσφέρεται για ERASMUS
Τρόπος παράδοσης: Πρόσωπο με πρόσωπο
Χρήση Τ.Π.Ε.:

Ναι

Δείτε το στο ecourse

Περιεχόμενα μαθήματος

  • Θεωρία μαθήματος
  • Υπολογιστικές Προσεγγίσεις σε Βιολογικές Διαδικασίες – Κυτταρικές Δομές
  • Αποκωδικοποίηση Γονιδιώματος και Συστημική Ανάλυση
  • Γονιδιακή Ρύθμιση
  • Φυλογένεση
  • Κλινικές και Βιολογικές Βάσεις Δεδομένων
  • Υπολογιστικές Εφαρμογές – Διαχείριση και Ανάλυση Γενετικής Πληροφορίας
  • Στοίχιση Ακολουθιών
  • Υπολογιστική Διαχείριση και Ανάλυση Πρωτεϊνικής Πληροφορίας
  • Κατασκευή Φυλογενετικών Δένδρων
  • Ανάλυση Μικροσυστοιχιών (Microarrays)/ Δίκτυα Γονιδίων
  • Υπολογιστικά Εργαλεία – Πιθανοκρατικό Πλαίσιο
  • Κρυμμένα Μοντέλα Markov
  • Τεχνητά Νευρωνικά Δίκτυα
  • Γενετικοί Αλγόριθμοι
  • Εργαστηριακές ασκήσεις
  • Βιολογικές Βάσεις Δεδομένων
  • Διαχείριση και Ανάλυση Βιολογικών Δεδομένων
  • Βάσεις Δεδομένων Πρωτεϊνών
  • Βάσεις Δεδομένων DNA
  • Ανάλυση Ακολουθιών DNA
  • Ανάλυση Πρωτεϊνικών Ακολουθιών
  • Ομολογιακή Σύγκριση Βιολογικών Ακολουθιών
  • Στοίχιση Βιολογικών Ακολουθιών
  • Ανάλυση Πρωτεϊνικών Δομών & RNA
  • Κατασκευή Φυλογενετικών Δένδρων
  • Διαχείριση και Ανάλυση Δεδομένων Μικροσυστοιχιών

Μαθησιακά αποτελέσματα

Εξοικείωση των φοιτητών με το περιεχόμενο της Βιοπληροφορικής, τις έννοιες, τα εργαλεία και τις δυνατότητες εφαρμογής που μπορεί να έχει σε προβλήματα της Βιολογίας. Επίσης η απόκτηση δεξιοτήτων στη χρήση συγκεκριμένων βάσεων δεδομένων και λογισμικών πακέτων ευρύτατα διαδεδομένων στο χώρο.

Γενικές ικανότητες

  • Αναζήτηση, ανάλυση και σύνθεση δεδομένων και πληροφοριών, με τη χρήση και των απαραίτητων τεχνολογιών
  • Αυτόνομη εργασία
  • Ομαδική εργασία
  • Εργασία σε διεπιστημονικό περιβάλλον
  • Παραγωγή νέων ερευνητικών ιδεών
  • Προαγωγή της ελεύθερης, δημιουργικής και επαγωγικής σκέψης

Οργάνωση διδασκαλίας

  • Διαλέξεις: 26
  • Εργαστηριακή Άσκηση: 33
  • Ομαδική εργασία: 33
  • Μελέτη θεωρίας: 26
  • Μελέτη εργαστηρίου: 33

Σύνολο Μαθήματος: 151

Αξιολόγηση φοιτητών

  • Ερωτήσεις Σύντομης Απάντησης
  • Επίλυση Προβλημάτων
  • Γραπτή Εργασία
  • Εργαστηριακή Εργασία

Συνιστώμενη βιβλιογραφία

  • Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική (Σημειώσεις μαθήματος), Κ. Παπαλουκάς, Εκδόσεις Πανεπιστημίου Ιωαννίνων, 2015
  • Βιοπληροφορική, Παντελεήμων Μπάγκος, Σύνδεσμος Ελληνικών Ακαδημαϊκών Βιβλιοθηκών, 2015 (http://hdl.handle.net/11419/5016)
  • Βιοπληροφορική και Λειτουργική Γονιδιωματική, Jonathan Pevsner, Ακαδημαϊκές Εκδόσεις Ι. Μπάσδρα & Σια Ο.Ε., 2019 (ISBN: 978-618-5135-17-1)
  • Βιοπληροφορική, Andreas D. Baxevanis, Francis B.F. Ouellette, Επιστημονικές Εκδόσεις Παρισιάνου Α.Ε., 2005 (ISBN: 960-394-222-7)