Μικροβιακή Οικολογία Υδάτων (πρώην: Υδρόβιοι Μικροοργανισμοί:από το γονίδιο στο οικοσύστημα)

ΚΩΔΙΚΟΣ: BEE608

  • Διδάσκοντες
Καραγιάννη Ήρα
(Επίκουρη Καθηγήτρια)
Μελά Χάρις
(Ε.Τ.Ε.Π.)
  • Θεωρία: 2 ώρες/εβδομάδα
  • Εργαστήριο: 3 ώρες/εβδομάδα
  • Φροντιστήριο: 1 ώρες/εβδομάδα
  • Πιστωτικές μονάδες (ECTS): 6
  • Διδακτικές μονάδες: 6
  • Εβδομαδιαίες ώρες διδασκαλίας: 6
Γλώσσα/ες διδασκαλίας:
Ελληνικά
ERASMUS: Προσφέρεται για ERASMUS
Τρόπος παράδοσης: Πρόσωπο με πρόσωπο
Χρήση Τ.Π.Ε.:
  • Υποστήριξη Μαθησιακής διαδικασίας μέσω της ηλεκτρονικής πλατφόρμας e-course
  • Χρήση ιστοσελίδας (blog) (http://winobloggers.blogspot.gr/)
  • Χρήση πλατφόρμας www.padlet.com
  • Χρήση λογισμικού επεξεργασίας δεδομένων (πχ https://usegalaxy.org/, https://blast.ncbi.nlm.nih.gov )

Περιεχόμενα μαθήματος

  • Θεωρία μαθήματος
  • Εισαγωγή στη μικροβιακή οικολογία. Επισκόπηση του μικροοργανισμικού κόσμου
  • Στοιχεία, Μόρια και Δομές μικροοργανισμών και σημασία για την οικολογία τους
  • Επίδραση πρώτων υλών και αβιοτικών συνιστωσών στην φυσιολογία των υδρόβιων
    μικροοργανισμών (στοιχεία οικοφυσιολογίας)
  • Δομή μικροβιακών κοινοτήτων στα υδατικά οικοσυστήματα
  • Γονιδιώματα και -ωμικές προσεγγίσεις στην μικροβιακή οικολογία υδάτων
  • Μικροβιακή πρωτογενής παραγωγή. Αποδόμηση οργανικής ύλης και ροή στα μικροβιακά
    τροφικά πλέγματα.
  • Μικροοργανισμοί, κλίμα και κλιματική αλλαγή. Ο ρόλος των μικροοργανισμών στη
    βιόσφαιρα.
  • Μικροβιακή αύξηση και θήρευση
  • Οικολογία των ιών (αφθονία, ιική λύση και έλεγχος θνησιμότητας, ιικός βρόγχος)
  • Διεργασίες σε ανοξικά περιβάλλοντα. Ιζήματα (βενθική ανοργανοποίηση και
    αναπνευστικά μονοπάτια σε αναερόβιες συνθήκες, κύκλος αζώτου).
  • Βιοϋμένια και μικροβιακοί τάπητες στα υδατικά οικοσυστήματα. Δομή και λειτουργία.
  • Συμβιωτικές σχέσεις και αλληλεπιδράσεις μικροοργανισμών και ανώτερων οργανισμών
    στα υδάτινα οικοσυστήματα.
  • Εργαστηριακές ασκήσεις
  • Άσκηση πεδίου για συλλογή δειγμάτων που θα χρησιμοποιηθούν στην διάρκεια των
    ασκήσεων και μακροσκοπική μελέτη μικροοργανισμών
  • Κατασκευή στήλης Winogradksy-Φαινοτυπική ποικιλότητα και μεταβολισμός (διαρκεί
    όλο το ακαδημαϊκό εξάμηνο)
  • Παρασκευή υγρών καλλιεργειών βακτηριοπλαγκτού
  • Μελέτη της αύξησης του βακτηριοπλαγκτού (διαρκεί ~7 ημέρες)
  • Μικροσκοπία φθορισμού (προσδιορισμός βακτηριακής αφθονίας και αφθονίας
    νανομαστιγωτών)
  • Ανάστροφη μικροσκοπία – Μέθοδος Ütermohl (μελέτη μικροευκαρυωτών)
  • Απομόνωση γενετικού υλικού από δείγματα νερού
  • Φυλογενετική ανάλυση αλληλουχιών
  • Ανάλυση επιστημονικού άρθρου

Φροντιστήριο

  • Ανάλυση και συζήτηση αποτελεσμάτων εργαστηριακών ασκήσεων

Εργασία (ομαδική)

  • Μελέτη περίπτωσης (case study)

Μαθησιακά αποτελέσματα

Ο σκοπός του μαθήματος είναι η εμβάθυνση των φοιτητών/τριών στα αντικείμενα που αφορούν την βιολογία των υδρόβιων μικροοργανισμών. Με την ολοκλήρωση του μαθήματος θα γνωρίζουν το εύρος της φυλογενετικής ποικιλότητας των μικροοργανισμών των υδατικών οικοσυστημάτων και των διεργασιών που φέρουν σε πέρας. Επίσης, θα γνωρίζουν τους μηχανισμούς που ελέγχουν την εξάπλωσή τους, την σύνθεση και την δομή των κοινοτήτων τους και θα έχουν κατανοήσει τον ρόλο τους στην εξέλιξη και στήριξη της ζωής και την διατήρηση της υγείας των οικοσυστημάτων. Επιπλέον με την επιτυχή ολοκλήρωση του μαθήματος οι φοιτητές/τριες θα γνωρίζουν κλασσικές και σύγχρονες μεθοδολογικές προσεγγίσεις για την μελέτη τους και θα είναι σε θέση να διατυπώνουν και να ελέγχουν επιστημονικές υποθέσεις μέσω πειραματικών διαδικασιών.

Γενικές ικανότητες

  • Αυτόνομη εργασία
  • Ομαδική εργασία
  • Σεβασμός στο φυσικό περιβάλλον και την μικροβιακή ποικιλότητα
  • Σχεδιασμός και εκπόνηση πειραμάτων
  • Αναζήτηση, ανάλυση και σύνθεση δεδομένων και πληροφοριών, με τη χρήση και των
    απαραίτητων τεχνολογιών

Οργάνωση διδασκαλίας

  • Διαλέξεις: 26
  • Εργαστήρια: 25
  • Άσκηση πεδίου: 12
  • Συγγραφή ατομικών εργαστηριακών αναφορών: 19
  • Φροντιστήριο: 13
  • Εργασία: 28
  • Αυτοτελής μελέτη: 40

Σύνολο Μαθήματος: 163

Αξιολόγηση φοιτητών

  • Γραπτή τελική εξέταση: 50%
  • Εργαστηριακές αναφορές: 25%
  • Εργασία: 15%
  • Συμμετοχή: 10%

Συνιστώμενη βιβλιογραφία

Προτεινόμενη Βιβλιογραφία

  • Kirchman DL, ΜΙΚΡΟΒΙΑΚΗ ΟΙΚΟΛΟΓΙΑ, 2021, Εκδόσεις ΙΔΡΥΜΑ
    ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ & ΕΡΕΥΝΑΣ-ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΑΚΕΣ ΕΚΔΟΣΕΙΣ ΚΡΗΤΗ,
    ISBN: 9789605246341
  • Ντούγιας Σ, Αϊβαζίδης Α, Μελίδης Π, 2012, ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΙΚΗ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑ,
    ΕΜΒΡΥΟ ΕΜΠΟΡΙΚΗ ΕΚΔΟΤΙΚΗ ΜΟΝ. ΙΚΕ ISBN: 978-960-8002-66-1
  • Κορμάς Κ. Οικολογία υδρόβιων μικροοργανισμών, 2010, Εκδόσεις ΓΑΡΤΑΓΑΝΗΣ
    ISBN: 978-960-6859-14-4
  • Madigan T et al. Brock Biology of Microorganisms, 2014, Pearson edt
    ISBN-13: 978-0321897398 (αγγλικά)

Συναφή επιστημονικά περιοδικά

  • AQUATIC MICROBIAL ECOLOGY
  • ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY
  • Microorganisms
  • Journal of Plankton research

Προαπαιτούμενα μαθήματα

Μικροβιολογία