Στόχος του Προγράμματος Σπουδών του Τμήματος Βιολογικών Εφαρμογών και Τεχνολογιών (ΒΕΤ) είναι να παρέχει στους φοιτητές του στέρεη θεωρητική βάση στις θεμελιώδεις γνωστικές περιοχές της Βιολογίας, εμβάθυνση σε αναδυόμενα βιολογικά πεδία και εξοικείωση με τις σύγχρονες μεθοδολογίες, ερευνητικές προσεγγίσεις και τεχνολογίες που απορρέουν από αυτήν την επιστήμη. Στην καρδιά της φιλοσοφίας του ΒΕΤ βρίσκεται η δυναμική και σύγχρονη προσέγγιση της εκπαιδευτικής διαδικασίας και η σύνδεση της πανεπιστημιακής διδασκαλίας με την ερευνητική δραστηριότητα.
Κύρια χαρακτηριστικά του εκπαιδευτικού προγράμματος είναι η προσπάθεια ισόρροπης κατανομής του φόρτου εργασίας των φοιτητών σε κάθε εξάμηνο, η δυνατότητα επιλογής μαθημάτων από το τρίτο έτος σπουδών και η υποχρεωτική Διπλωματική Εργασία κατά τη διάρκεια του πέμπτου έτους. Στα πρώτα δύο εξάμηνα καλύπτεται εξ ολοκλήρου η βασική γνώση στη Φυσική, τα Μαθηματικά, τη Χημεία και την Πληροφορική ενώ παράλληλα οι φοιτητές εισάγονται στις βασικές συνιστώσες της επιστήμης της Βιολογίας. Στα δύο εξάμηνα που ακολουθούν οι φοιτητές εισάγονται στην Οργανισμική Βιολογία, τη Βιοχημεία, τη Γενετική, την Κυτταρική και Αναπτυξιακή Βιολογία και την Οικολογία. Στα επόμενα εξάμηνα συμπληρώνεται η εκπαίδευσή τους με τις βασικές γνώσεις τόσο στις μοριακές όσο και στις οργανισμικές επιστήμες, τη σύνδεσή τους με την Εξέλιξη αλλά και τη σημασία της τελευταίας για όλα τα γνωστικά πεδία της Βιολογίας, ενώ παράλληλα διδάσκονται και οι σχετικές εφαρμογές και τεχνολογίες αιχμής.
Οι φοιτητές καθίστανται έτσι με προοδευτικό τρόπο, γνωσιολογικά ικανοί να παρακολουθήσουν και να αφομοιώσουν τα μαθήματα επιλογής που τους προσφέρονται στο τρίτο, και ιδιαίτερα στο τέταρτο έτος, πριν ξεκινήσουν την εκπόνηση της Διπλωματικής τους εργασίας με την οποία θα ολοκληρώσουν τις σπουδές τους.
Η εκπόνηση Διπλωματικής εργασίας προϋποθέτει την επιτυχή εξέταση στο 80% (κατ’ελάχιστον) των μαθημάτων που έχουν διδαχτεί, διασφαλίζοντας με αυτόν τον τρόπο την καλύτερη δυνατή προετοιμασία τους πριν από το τελικό αυτό τμήμα της εκπαίδευσής τους.