Το πρόγραμμα σπουδών του τμήματος ΒΕΤ έχει σχεδιαστεί και φιλοδοξεί μέσα από διαρκείς βελτιώσεις να παρέχει στους φοιτητές του τη στέρεη θεωρητική βάση που είναι απαραίτητη για το μελλοντικό βιολόγο, και παράλληλα να τον εξοικειώνει με τις σύγχρονες μεθοδολογίες και ερευνητικές προσεγγίσεις στη βιολογία και τις τεχνολογίες αιχμής.
Κύρια χαρακτηριστικά της εκπαιδευτικής δραστηριότητας του Τμήματος Βιολογικών Εφαρμογών και Τεχνολογιών είναι η ισορροπημένη κατανομή του φόρτου εργασίας των φοιτητών σε κάθε εξάμηνο, η δυνατότητα λήψης μαθημάτων επιλογής από το τρίτο έτος σπουδών και η υποχρεωτική Διπλωματική Εργασία κατά τη διάρκεια του πέμπτου έτους:
- Στα πρώτα δύο εξάμηνα καλύπτεται εξ ολοκλήρου η βασική γνώση Φυσικής, Μαθηματικών και Χημείας, οι φοιτητές εισάγονται στις έννοιες της Πληροφορικής ενώ παράλληλα έρχονται σε επαφή με τις βασικές συνιστώσες της επιστήμης της Βιολογίας και των προεκτάσεών της.
- Στα δύο επόμενα εξάμηνα οι φοιτητές εισάγονται στα βασίλεια των οργανισμών, την Βιοχημεία, τη Γενετική, την Κυτταρική και Αναπτυξιακή Βιολογία και την Οικολογία.
- Στα επόμενα εξάμηνα ολοκληρώνουν τη βασική γνώση τόσο στις μοριακές όσο και στις οργανισμικές επιστήμες, τη σύνδεσή τους με την Εξέλιξη αλλά και τη σημασία της τελευταίας για όλα τα γνωστικά πεδία της Βιολογίας ενώ παράλληλα διδάσκονται εφαρμογές και τεχνολογίες αιχμής. Καθίστανται έτσι με προοδευτικό τρόπο, γνωσιολογικά ικανοί να παρακολουθήσουν και να αφομοιώσουν τα μαθήματα επιλογής που τους προσφέρονται στο τρίτο (σε μικρό βαθμό) και ιδιαίτερα στο τέταρτο έτος, πριν εκπονήσουν τη Διπλωματική τους εργασία με την οποία θα ολοκληρώσουν τις σπουδές τους.
Το Τμήμα δίνει ιδιαίτερη βαρύτητα στη Διπλωματική Εργασία η οποία είναι υποχρεωτική (εξαμηνιαία ή ετήσια), κατά τη διάρκεια της οποίας ο φοιτητής δεν παρακολουθεί μαθήματα, έτσι ώστε να του επιτραπεί να επικεντρωθεί στις πολυσχιδείς παραμέτρους και τα ιδιαίτερα στοιχεία της Ερευνητικής Δραστηριότητας και να ολοκληρώσει με αυτόν τον τρόπο την πενταετή του εκπαίδευση στο Τμήμα.