Εργαστήριο Βιοπληροφορικής

Επί κεφαλής Εργαστηρίου: Παπαλουκάς Κωνσταντίνος
  • Μεταβατικό Κτήριο
  • (1ος όροφος)
  • Email Εργαστηριου: adefter@uoi.gr
  • Email Εργαστηριου: 2651007244

Σύντομη περιγραφή του Εργαστηρίου

Η Βιοπληροφορική συνδυάζει τις επιστήμες της Βιολογίας και της Πληροφορικής και μπορεί να χωριστεί σε τρεις κύριους υποκλάδους: α) την ανάπτυξη νέων αλγορίθμων και μεθόδων βάσει των οποίων αξιολογούνται οι σχέσεις μεταξύ των μελών μεγάλων συνόλων δεδομένων, β) την ανάλυση και την ερμηνεία διαφόρων τύπων δεδομένων, συμπεριλαμβανομένων των βιολογικών αλληλουχιών, των πρωτεϊνικών δομών και περιοχών, αλλά και των κλινικών και βιοϊατρικών, και γ) την ανάπτυξη και εφαρμογή εργαλείων που επιτρέπουν την αποτελεσματική πρόσβαση και διαχείριση διαφόρων τύπων πληροφοριών. Στο εργαστήριο Βιοπληροφορικής ιδιαίτερη έμφαση δίνεται στην οργάνωση και ανάπτυξη αυτόνομης έρευνας σε σύγχρονα αντικείμενα, όπως της υπολογιστικής ανάλυσης των πρωτεϊνών και γενικότερα των βιομορίων, της ανάπτυξης υπολογιστικών τεχνικών για τη μελέτη βιολογικών συστημάτων, συμπεριλαμβανομένων των περιβαλλοντικών και υδάτινων, καθώς και και της βιοϊατρικής τεχνολογίας.

Έρευνα

Ερευνητικοί στόχοι:

  1. Συλλογή & διαχείριση βιοϊατρικών δεδομένων
  2. Επεξεργασία & ανάλυση ακολουθιών DNA & πρωτεϊνών
  3. Ανάλυση δεδομένων ευρείας κλίμακας
  4. Διάγνωση παθολογικών ιστών (μέσω γονιδιακών προφίλ)
  5. Ανάπτυξη συστημάτων υποστήριξης (ιατρικής) απόφασης

Υποδομές - Τεχνογνωσία

  • 2 Servers
  • 1 Workstation
  • 25 PCs
  • Cluster with 10 nodes and 1 server
  • 2 switches
  • 2 network laser printers (1 color)
  • Bioinformatics and Informatics software packages

Δημοσιεύσεις

  1. O.D. Papagiannopoulos, V.C. Pezoulas, C. Papaloukas, D.I. Fotiadis: “3D clustering of gene expression data from systemic autoinflammatory diseases using self-organizing maps (Clust3D)”, Computational and Structural Biotechnology Journal, 23:2152-62, 2024.
  2. E. Baltzi C. Papaloukas D.A. Spandidos, I. Michalopoulos: “Genes encoding γ‑glutamyl‑transpeptidases in the allicin biosynthetic pathway in garlic (Allium sativum)”, Biomedical Reports, 20 (3): 45, 2024.
  3. O. Papagiannopoulos, K. Kourou, C. Papaloukas, ImmunAID Consortium, D.I. Fotiadis: “Classification of Inflammation of Unknown Origin patients based on RNA-seq and SomaScan data”, 45th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine & Biology Conference (EMBC), 2023.
  4. A. Koloi, V. Loukas, A. Sakellarios, J. Bosch, R. Quax, K. Nowakowska, J. Kamierski, C. Papaloukas, D.I. Fotiadis: “A comparison study on creating simulated patient data for individuals suffering from chronic coronary disorders”, 45th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine & Biology Conference (EMBC), 2023.
  5. O.D. Papagiannopoulos, C. Papaloukas, D.I. Fotiadis: “Deep Learning for Biomarkers Discovery in Auto-inflammatory Disorders”, IEEE EMBS International Conference on Data Science and Engineering in Healthcare, 2023 
  6. V.C. Pezoulas, K.D. Kourou, E. Mylona, C. Papaloukas, A. Liontos, D. Biros, O.I. Milionis, C. Kyriakopoulos, K. Kostikas, H. Milionis, D.I. Fotiadis: “ICU admission and mortality classifiers for COVID-19 patients based on subgroups of dynamically associated profiles across multiple timepoints”, Computers in Biology and Medicine, 141: 105176, 2022.
  7. O. Papagiannopoulos, K. Kourou, C. Papaloukas, D.I. Fotiadis: “Comparison of High-Throughput Technologies in the Classification of Adult-Onset Still’s Disease Patients”, 44th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine & Biology Society (EMBC), 2022.
  8. V.C. Pezoulas, A. Liontos, E. Mylona, C. Papaloukas, O. Milionis, D. Biros, C. Kyriakopoulos, K. Kostikas, H. Milionis, D.I. Fotiadis: “Predicting the need for mechanical ventilation and mortality in hospitalized COVID-19 patients who received heparin”, 44th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine & Biology Society (EMBC), 2022.
  9. D. Katsarou, E.I. Georga, M. Christou, S. Tigas, C. Papaloukas, D.I. Fotiadis: “Short Term Glucose Prediction in Patients with Type 1 Diabetes Mellitus”, 44th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine & Biology Society (EMBC), 2022.
  10. O.D. Papagiannopoulos, C. Papaloukas, V.C. Pezoulas, H.J.G. van de Werken, C. Poulet, Y.M. Mueller, P.D. Katsikis, D. de Seny, D.I. Fotiadis: “Comparison of Proteomic Assay Methods in Autoinflammatory Disease Classification”, IEEE-EMBS International Conference on Biomedical and Health Informatics (BHI), 2022.