Όργανα του Τμήματος είναι α) Ο Πρόεδρος, β) Η Συνέλευση του Τμήματος και εφόσον έχουν συσταθεί Τομείς ο Διευθυντής του Τομέα και η Συνέλευση του Τομέα.

Στο Τμήμα Βιολογικών Εφαρμογών & Τεχνολογιών δεν έχουν συσταθεί Τομείς.

Κατά την τρέχουσα περίοδο, Πρόεδρος του Τμήματος είναι η Αναπληρώτρια Καθηγήτρια κα. Θεώνη Τράγκα.

Γραμματέας του Τμήματος είναι η κα. Άννα Υφαντή.

Η Συνέλευση του Τμήματος αποτελείται από τους Καθηγητές (Καθηγητές πρώτης βαθμίδας, Αναπληρωτές και Επίκουρους) και τους υπηρετούντες Λέκτορες, έναν εκπρόσωπο ανά κατηγορία, των μελών του Ειδικού Εκπαιδευτικού Προσωπικού (ΕΕΠ), των μελών του Εργαστηριακού Διδακτικού Προσωπικού (ΕΔΙΠ) και των μελών του Ειδικού Τεχνικού Εργαστηριακού Προσωπικού (ΕΤΕΠ), καθώς και δύο εκπροσώπους των φοιτητών του Τμήματος (έναν προπτυχιακό και έναν μεταπτυχιακό φοιτητή).

Ο Πρόεδρος του Τμήματος εκλέγεται από τους Καθηγητές και του υπηρετούντες Λέκτορες.

του Τμήματος με άμεση, μυστική και καθολική ψηφοφορία και έχει διετή θητεία.

Οι εκπρόσωποι των κατηγοριών ΕΕΠ, ΕΔΙΠ και ΕΤΕΠ εκλέγονται με άμεση, καθολική και μυστική ψηφοφορία μεταξύ των αντίστοιχων μελών τους. 

Οι εκπρόσωποι των φοιτητών εκλέγονται από το σύνολο των αντίστοιχων ενεργών φοιτητών, με ενιαίο ψηφοδέλτιο και άμεση, καθολική και μυστική ψηφοφορία. Υποψήφιοι μπορεί να είναι οι προπτυχιακοί φοιτητές που έχουν διανύσει το πρώτο έτος σπουδών και βρίσκονται εντός του ενδεικτικού προγράμματος σπουδών, καθώς και οι μεταπτυχιακοί φοιτητές κατά το πρώτο έτος φοίτησης τους και οι υποψήφιοι διδάκτορες που διανύουν τα τρία πρώτα έτη από την εγγραφή τους ως υποψήφιοι διδάκτορες.

Η ψηφοφορία μπορεί να διεξάγεται και ηλεκτρονικά.